مقدمه: بافت چربی با متابولیسم انرژی و چاقی در ارتباط است. ژن‌های FTO و IRX3 از عوامل ژنتیکی مهم در تنظیم چربی و هومئوستاز انرژی هستند. این مطالعه به بررسی همبستگی بین بیان این ژن‌ها در بافت چربی احشایی و زیرجلدی بزرگسالان ایرانی پرداخت. مواد و روش­ ها: نمونه‌های چربی و خون از بیماران تحت جراحی شکمی جمع‌آوری و بیان ژن‌ها با روش Real-time PCR سنجیده شد. ارتباط بین بیان این دو ژن با شاخص‌های تن‌سنجی و بیوشیمیایی با آزمون اسپیرمن بررسی شد. یافته‌ها: از مجموع 176 بیمار (23/9% مرد و 76/1% زن)، بیان نسبی ژن IRX3 در بافت چربی احشایی (2/86 برابر تغییر) در مقایسه با بافت زیرجلدی (5/09 برابر تغییر) به‌طور معنی‌داری کاهش داشت (0/001>P). بیان FTO در بافت زیرجلدی (2/35 برابر تغییر) نسبت به احشایی (3/38 برابر تغییر) کاهش معنی‌دار داشت (0/039=P). همبستگی منفی و معنی‌دار بین بیان IRX3 و FTO در بافت زیرجلدی (P=0/001 ،r=-0/272)، بین بیان IRX3 احشایی و  FTO زیرجلــدی (P<0/001 ،r=-0/344)، و همچنین بین بیان هر دو ژن در بافت احشایی (P<0/001 ،r=-0/437)مشاهده شد. بین بیانIRX3 زیرجلدی و FTO احشایی همبستگی معنی‌داری وجود نداشت (P=0/460 ،r=-0/065). تعامل این دو ژن فقط در بافت زیرجلدی با دور مچ همبستگی معکوس معنی‌داری داشت (r=-0/196 ،P=0/032) و روندی معکوس با تری‌گلیسرید(r=-0/139 ،p=0/097) و انسولین(r=-0/148 ،P=0/078) نیز دیده شد. نتیجه‌گیری: نتایج مطالعه حاضر موید تنظیم متقابل بین ژن‌های IRX3 و FTO در بافت‌های چربی احشایی و زیرجلدی است.