مقدمه: رگرسیون منطقی یک روش رگرسیونی تعمیم‌ یافته است که می‌تواند اثرات متقابل پیچیده بین متغیرهای دوحالتی را تشخیص دهد. به دلیل اهمیت تقابل‌های ژنتیکی، این روش در بررسی‌های ژنتیکی با موفقیت استفاده شده ‌است. هدف پژوهش حاضر، بررسی ارتباط بین کلسترول ـ HDL و برخی از پلی‌مورفیسم‌های مرتبط با آن، با استفاده از رگرسیون منطقی است. مواد و روش‌ها: داده‌های 436 نفر (172 مرد و 264 زن) که به طور تصادفی از میان شرکت‌کنندگان فاز 3 مطالعه‌ی قند و لیپید تهران با سن 20 سال یا بیشتر انتخاب شده‌ بودند، مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. برای تشخیص اثرات اصلی و متقابل پلی‌مورفیسم‌های ژنی مرتبط با کلسترول ـ HDL، از رگرسیون منطقی با تابع پیوند لجستیک استفاده گردید. برای جلوگیری از بیش‌برازش شدن مدل از آزمون‌ اعتبار متقاطع، و برای یافتن ترکیب‌های منطقی مناسب و برآورد ضرایب آن‌ها از الگوریتم جستجوی ‌Simulated Annealing استفاده شد. یافته‌ها: براساس یافته‌های آزمون اعتبار متقاطع، مدل منطقی با 3 ترکیب بولی و 4 پیش‌بینی‌کننده بهترین اندازه برای مدل منطقی بود. مدل منطقی برازش ‌داده ‌شده نشان داد افرادی با الل ε3 در پلی‌مورفیسم ژن ApoE یا تری‌گلیسرید بالا نسبت به افراد دیگر شانس 35/2 برابری با فاصله اطمینان 95% (25/4و 3/1) برای داشتن سطح پایین کلسترول ـ HDL دارند. از سوی دیگر، داشتن تری‌گلیسرید بالا به تنهایی نیز قادر است شانس داشتن کلسترول ـ HDL پایین را 73/2 برابر افزایش دهد (فاصله اطمینان 95%: 53/4و 65/1). نتیجه‌گیری: یافته‌ها نشان داد برای داشتن کلسترول ـHDL  پایین، بین تری‌گلیسرید بالا و پلی‌مورفیسم ژن Apoe، اثر متقابل وجود دارد. رگرسیون منطقی به عنوان یک روش جدید قادر به تشخیص چنین اثرات متقابلی است.