مقدمه: با توجه به ارتباط بین لیپوپروتئین باچگالی بالا (HDL) و بیماری‌های قلبی ـ عروقی، شناسایی عوامل موثر بر سطح کلسترول ـ HDL می‌تواند در کاهش ابتلا به این بیماری‌ها موثر باشد. علاوه بر عوامل بیوشیمی و محیطی، تقابل‌‌های ژنتیکی نیز بر میزان کلسترول ـ HDL تاثیرگذارند. با توجه به وابسته بودن تاثیر پلی‌مورفیسم‌ها به زمان، بررسی اثر تقابل‌های ژنی روی کلسترول ـ HDL در طول زمان نیز دارای ‌اهمیت است. در این مقاله با بسط رگرسیون منطقی به داده‌های طولی دوحالتی، مدل "رگرسیون منطقی انتقال" معرفی، و به‌ وسیله‌ی آن اثرات متقابل پلی‌مورفیسم‌های موثر بر کلسترول ـ HDL در طول زمان بررسی گردید. مواد و روش‌ها: داده‌های طولی 329 نفراز شرکت‌‌کنندگان سه فاز مطالعه‌ی قند و لیپید تهران به منظور بررسی ارتباط بین پلی‌مورفیسم‌ها و سایر عوامل خطرساز با سطح پایین کلسترول ـ HDL درطول زمان با استفاده از مدل پیشنهادی تحلیل شدند. یافته‌ها: ترکیب ‌منطقی داشتن اندازه‌ی دور ‌کمر بالا و تری‌گلیسرید بالا با نسبت شانس 29/2 و فاصله‌ی‌ اطمینان 95% (48/3 و 51/1) تاثیر معنی‌داری بر سطح HDL داشت. هم‌چنین افرادی که در فاز دوم مطالعه دارای ژنوتایپ +/+ برای ژن ApoA1M1 یاCC  برای ژن ApoCIII بودند، شانس بیشتری برای داشتنHDL ‌پایین داشتند ]نسبت شانس: 30/2، فاصله ‌اطمینان 95%: (99/2 و 77/1)[. مردان با فشار خون ‌بالا یا افرادی با ژنوتیپ AA برای ژنSRB1  شانس کمتری برای داشتنHDL پایین داشتند ]نسبت شانس: 38/0 فاصله‌اطمینان 95%: (59/0 و 25/0)[. نتیجه‌گیری: با توجه به لزوم شناسایی تقابل‌های ژنی در مطالعات ژنتیکی و نیز اهمیت بررسی این تقابل‌ها در طول زمان، مدل رگرسیون منطقی انتقال معرفی و برای بررسی تقابل‌های ژنی موثر بر سطح HDL در طول زمان استفاده شد.